目前，出口企業支付國際海運費用有兩種情況：一是支付給貨物運輸代理公司，這是實務中最常見的方式；一是直接支付給從事國際遠洋運輸的公司，一般不多見。“營改增”試點后，出口貨物支付的國際運輸費用能否抵扣存在爭議。筆者認為，能否抵扣要根據費用收取方及開具的發票情況來判斷。

第一種取得的由貨物運輸代理公司開具的名為代理海運費的增值稅專用發票可以抵扣。相關企業財務人員甚至部分稅務干部對于貨物運輸代理公司開具的名為“代理海運費”的增值稅專用發票能否抵扣存有疑義，實際是源于慣性思維。《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人支付的貨物運輸代理費用不得抵扣進項稅額的批復》（國稅函〔2005〕54號）規定，國際貨物運輸代理業務是國際貨運代理企業作為委托方和承運單位的中介人，受托辦理國際貨物運輸和相關事宜并收取中介報酬的業務。因此，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣進項稅額。提醒大家注意的是，國稅函〔2005〕54號文中提到的是“不得作為運輸費用抵扣進項稅額”。

“營改增”試點后，貨物運輸代理公司與從事國際遠洋運輸的公司增值稅計稅方法不同，開具的發票也不同。《財政部、國家稅務總局關于在上海市開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2011〕111號，注：自2013年8月1日起廢止）對貨物運輸代理服務進行了詳細界定，自2013年8月1日起執行的《財政部、國家稅務總局關于在全國開展交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點稅收政策的通知》（財稅〔2013〕37號），其附件1《交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點實施辦法》第十二條第三款規定，提供現代服務業服務（有形動產租賃服務除外），稅率為6%。第十三條規定，增值稅征收率為3%。在應稅服務范圍注釋中規定，貨物運輸代理服務屬于“部分現代服務業”中的“物流輔助服務”，并對貨物運輸代理服務進行了更全面的定義。即接受貨物收貨人、發貨人、船舶所有人、船舶承租人或船舶經營人的委托，以委托人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運輸服務的情況下，為委托人辦理貨物運輸、船舶進出港口、聯系安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務活動。既然貨物運輸代理服務是應稅服務，增值稅的計算方法包括一般計稅方法和簡易計算方法，并可以開具增值稅專用發票，只要認證比對無誤就可以抵扣。