負責建筑三級資質審核的部門是區縣、市級建設行政主管部門，不過除了區縣、市級建設行政主管部門，有一些建筑資質證書的審核部門還有其他，其中只需要一個部門審核的，具體分析如下：
1、當建筑企業想要辦理三級專包資質或三級總包資質時，企業所在地的住建局可直接審批;
2、如重慶市住建廳，屬于省級住建主管部門，主要審批專包一、二級資質和總包二級資質，值得注意的是：鐵路專包三級資質和通信、鐵路總包三級資質也是由住建廳審批辦理，而鐵路、民航的二級專包資質和公路、水利、鐵路等一級專包資質需由住建部許可;
3、住建部是直屬國務院下，審批權限最高的住建部門，特級資質、一級總包資質、個別特殊一、二級專包資質都是由住建部審批的。
除了一個部門審核的資質證書以外，在建筑行業中，部分資質證書需要兩個部門同時審核才行，具體分析如下：
1、涉及通信方面的資質
通信工程施工總承包資質，這個建筑資質是需要建設行政主管部門和通信部門同時審核通過才可以領取通信工程施工總承包資質證書。
2、涉及公路方面的資質
公路工程施工總承包資質、公路路面工程專業承包資質、公路路基工程專業承包資質、公路交通工程專業承包資質。這些建筑資質證書還需要交通部門一起審核，才可以領取資質證書。
3、涉及水利方面的資質
水利水電工程施工總承包資質、水工金屬結構制作與安裝工程專業承包資質、河湖整治工程專業承包資質、水利水電機電安裝工程專業承包資質。這些建筑資質證書還需要水利部門一起審核，才可以領取資質證書。
4、涉及鐵路方面的資質
鐵路工程施工總承包資質、鐵路電務工程專業承包資質、鐵路鋪軌架梁工程專業承包資質、鐵路電氣化工程專業承包資質。這些建筑資質證書還需要鐵路部門一起審核，才可以領取資質證書。
